Con la publicación de la Declaración Nostra Aetate en octubre de 1965, la Iglesia Católica se ha embarcado en un sendero dialoguista y anhelante de relaciones armoniosas con el pueblo judío. Juan XXIII merece el justo crédito por la iniciativa, pero Juan Pablo II es merecedor de un enorme reconocimiento por haber dado continuidad a la política trazada y por haber consolidado las enseñanzas de aquél importante documento católico durante su largo pontificado.
Él fue el primer Papa en visitar un campo de concentración, al ir a Auschwitz en 1979. También fue el primer Sumo Pontífice en visitar una sinagoga desde San Pedro, en 1986, oportunidad en la que se refirió a los judíos como nuestros hermanos mayores», entregó un Pentateuco del museo vaticano a sus anfitriones y recibió, entre otros, a Settima Spizzichino, única mujer judía sobreviviente de la deportación nazi, en 1943, de la comunidad judía romana. En 1994, Juan Pablo II dio lugar, por primera vez en la Ciudad del Vaticano, a un concierto en conmemoración del Iom Hashoá (Día del Holocausto hebreo), ocasión en la cual la Orquesta Filarmónica de Londres tocó el Kol Nidré (plegaria del Día del Perdón judío, Iom Kipur). Fue además el Papa que entabló relaciones diplomáticas con el Estado de Israel, en 1993, luego de décadas de indefinición vaticana; en visitar Israel en el año 2000; en ir a Yad Vashem (Museo del Holocausto) y a rezar ante el Muro de los Lamentos, donde insertó una sentida plegaria. La imagen del Papa allí, capturada en incontables fotografías, se convirtió en lo que un vaticanista denominó la representación iconográfica más espectacular posible de la nueva política vaticana hacia el pueblo judío. Su afecto personal hacia los judíos fue asimismo apreciado en la mención del Gran Rabino de Roma en su testamento.
En honor a la verdad, no obstante, deben recordarse también instancias en las que Juan Pablo II se alejó de su de otra manera impecable actitud hacia el pueblo judío. Al visitar Auschwitz, llamativamente, omitió mencionar la palabra «judíos» en un lugar diseñado expresamente para matar judíos. En 1987 beatificó, y en 1994 canonizó, a Edith Stein, una judía conversa al catolicismo muerta durante la Shoá, lo cual fue percibido como la elección de una apóstata hebrea como modelo de veneración católica. Ese mismo año, Juan Pablo II condecoró como caballero papal a Kurt Waldheim, ex presidente de Austria y Secretario General de las Naciones Unidas cuya revelación de su pasado nazi había causado una mayúscula conmoción internacional unos años antes. En 2004, se atribuyó al Sumo Pontífice haber reaccionado positivamente después de ver en el Vaticano la película La Pasión de Mel Gibson, que presentaba al pueblo judío como responsable de la crucifixión de Jesús. En lo relativo a la diplomacia de la Santa Sede hacia el conflicto palestino-israelí, Juan Pablo II lleva el crédito del reconocimiento a Israel, pero también el de haber recibido múltiples veces a Yasser Arafat, líder del nacionalismo palestino, y de haberlo hecho por primera vez en 1982 cuando éste todavía no había renunciado al terrorismo como método de lucha política. Durante su pontificado dio claras muestras de apoyo a la causa palestina y no se privó de condenar públicamente a Israel cuando lo consideró acertado.
Numerosas veces se manifestó Juan Pablo II a favor de los derechos nacionales de los palestinos, pidió por la inclusión de la OLP en las negociaciones internacionales pertinentes, y promovió la noción de que la resolución del problema palestino era indispensable para alcanzar la paz regional. El Sumo Pontífice condenó la violencia palestina y pidió por la seguridad de Israel, pero usualmente enmarcó sus palabras en pronunciamientos ambiguos que incluyeron consideraciones a las motivaciones de los terroristas. En esto, el Papa básicamente daba continuidad a una política ya trazada por sus predecesores. A diferencia de éstos, al decidir extender el reconocimiento diplomático a Israel marcó una ruptura con la praxis política vaticana y legó a su Iglesia la definitiva aceptación política (y podemos decir que teológica también) del estado judío. Cabe también recordar que bajo su pontificado el Vaticano publicó un documento contra el racismo, en 1988, que incluyó la afirmación de que el antisionismo «sirve a veces de cobertura al antisemitismo».
Al evaluar integralmente su pontificado como Papa y su actitud personal hacia los judíos e Israel, resulta evidente que Juan Pablo II fue un destacado amigo del pueblo hebreo a pesar de los roces y los sinsabores. Su legado en el ámbito de las relaciones con los judíos, en conjunto, es descomunalmente positivo.